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QPCR實驗室技術(shù)原理對比——染料法與探針法
2022-09-22

1992年,一位日本研究人員Higuchi提出了qPCR(Quantitative real-time PCR)技術(shù)——在PCR反應(yīng)體系中加入熒光基團(tuán),利用熒光信號的變化來實時監(jiān)測PCR擴(kuò)增反應(yīng)中每一個循環(huán)擴(kuò)增產(chǎn)物量的變化,通過CT值和標(biāo)準(zhǔn)曲線的分析對起始模板進(jìn)行定量分析的一項技術(shù)。經(jīng)歷從研發(fā)到市場化,1996年,美國應(yīng)用生物系統(tǒng)公司ABI推出了首臺qPCR儀。


目前,主要通過兩種方式對PCR產(chǎn)物進(jìn)行標(biāo)記跟蹤——熒光染料法與熒光探針法,既可以定量分析,也可以用來定性分析。

 qPCR染料法 

在PCR反應(yīng)體系中,加入過量的SYBR Green I熒光染料,該染料只與雙鏈DNA小溝結(jié)合,并不與單鏈DNA鏈結(jié)合,且在游離狀態(tài)不發(fā)出熒光,只有摻入DNA雙鏈中才可以發(fā)光。因此,在PCR體系中,隨著特異性PCR產(chǎn)物的指數(shù)擴(kuò)增,每個循環(huán)的延伸階段,染料摻入雙鏈DNA都會發(fā)出熒光,其熒光信號強(qiáng)度與PCR產(chǎn)物數(shù)量呈正相關(guān)。

qPCR染料法

每個模板的CT值與模板起始濃度的對數(shù)存在線性關(guān)系,起始濃度越多,CT值越小。利用已知起始濃度的標(biāo)準(zhǔn)品可做出標(biāo)準(zhǔn)曲線,其中縱坐標(biāo)代表起始濃度的對數(shù),橫坐標(biāo)代表CT值。根據(jù)待測標(biāo)本進(jìn)行熒光定量得出的CT值,即可從標(biāo)準(zhǔn)曲線上計算出該標(biāo)本的起始濃度。

標(biāo)準(zhǔn)曲線

熔解曲線是為了驗證擴(kuò)增產(chǎn)物特異性,如果熔解曲線是單峰(80~90℃之間)說明產(chǎn)物只有一條,結(jié)果較好;如果是雙峰(70~80℃、80~90℃之間均有峰),說明產(chǎn)物不特異,可能存在引物二聚體或非特異性擴(kuò)增。

正常樣本熔解曲線


異常樣本熔解曲線

根據(jù)qPCR檢測系統(tǒng)所生成的數(shù)據(jù),結(jié)合標(biāo)準(zhǔn)曲線和熔解曲線,經(jīng)過數(shù)據(jù)處理就可以得到起始模板濃度。

qPCR染料法特點

染料法經(jīng)濟(jì)實惠,但是由于染料只要是雙鏈DNA就會與之結(jié)合發(fā)光,特異性不強(qiáng),需要做熔解曲線觀察其特異性。

在高通量測序?qū)嶒炇抑校ㄒ匝簶颖緸槔?,運(yùn)用核酸提取試劑盒提取出基因組DNA,再將基因組DNA打斷、拼接、重組,制備出重塑的DNA模型即基因文庫。為了對建庫產(chǎn)物進(jìn)行質(zhì)量檢測,應(yīng)用的就是qPCR熒光染料技術(shù),該技術(shù)屬于相對定量方法。

 qPCR探針法 


在PCR反應(yīng)體系中,包含一對引物和一個特異性熒光探針。該探針為一段特異性寡核苷酸序列,兩端分別標(biāo)記了一個熒光報告基團(tuán)和一個熒光淬滅基團(tuán)。探針完整時,報告基團(tuán)發(fā)射的熒光信號被淬滅基團(tuán)吸收,不發(fā)出熒光。PCR擴(kuò)增時,DNA聚合酶利用酶的外切活性將探針酶切降解,報告基團(tuán)與淬滅基團(tuán)分離,發(fā)出熒光。最終,被qPCR儀監(jiān)測信號并檢出。

 qPCR探針法

根據(jù)熒光定量檢測系統(tǒng)生成的擴(kuò)增曲線,讀取標(biāo)本CT值。根據(jù)結(jié)果判斷原則,對每一個標(biāo)本進(jìn)行準(zhǔn)確的結(jié)果判讀。


熒光定量CT值


qPCR探針法特點

探針法只有在探針結(jié)合的片段才能收集信號,具有很好的特異性,但是合成探針成本較高。

目前,隨著新冠疫情趨勢的發(fā)展,國內(nèi)既要防控境外輸入,又要應(yīng)對本土新增病例和無癥狀感染者。核酸檢測已成為診斷新冠病毒感染最可靠的一種方法。核酸檢測由于qPCR染料法不能特異性識別DNA片段,所以最好的技術(shù)是RT-qPCR探針法。


RT-qPCR:新冠核酸為RNA病毒,在PCR反應(yīng)之前,需要將單鏈RNA轉(zhuǎn)cDNA,再進(jìn)行qPCR反應(yīng)。在實驗室當(dāng)中,為了達(dá)到實驗簡單快速的目的,通常使用一步法,在PCR反應(yīng)體系中,直接加入逆轉(zhuǎn)錄酶進(jìn)行熒光定量PCR反應(yīng)。這種方法是RT-PCR與qPCR的結(jié)合。

新冠病毒核酸檢測為定性實驗,只需要根據(jù)qPCR的CT值即得出位點檢出與否。目前,新冠病毒核酸檢測位點主要包括病毒基因組中3段保守基因序列,即開放讀碼框1ab(Open reading frame 1ab,ORF1ab)、 核 殼 蛋 白(Nucleocapsid protein,N)基因以及包膜蛋白(Envelop,E)基因作為檢測靶標(biāo)。根據(jù)國家衛(wèi)健委發(fā)布的新型冠狀病毒感染的肺炎實驗室檢測技術(shù)指南(第二版),在實驗室要確認(rèn)一個病例為陽性,需滿足同一份標(biāo)本中新冠病毒的ORF1ab及N基因 2個靶標(biāo)特異性實時熒光RT-PCR檢測結(jié)果均為陽性。


圖片來源:國家衛(wèi)健委官網(wǎng)


結(jié)果判斷原則

陰性:無Ct值或Ct值>40。

陽性:Ct值<37,可報告為陽性。

可疑:Ct值在37-40之間,建議重復(fù)實驗,若Ct值<40,擴(kuò)增曲線有明顯起峰,該樣本判斷為陽性,否則為陰性。

目前,國內(nèi)PCR市場因為新冠疫情帶來巨大增量,行業(yè)景氣度上升。隨著疫情防控的發(fā)展,暴露出基層檢測能力不足的短板,衛(wèi)健委多次發(fā)布政策要求加強(qiáng)實驗室建設(shè)和增強(qiáng)核酸檢測能力。廣闊的市場需求和因技術(shù)快速迭代升級帶來應(yīng)用范圍拓展及成本下降,以及伴隨而來的政府支持,PCR市場規(guī)模快速增長。PCR行業(yè)居于分子診斷黃金賽道,市場規(guī)模有望長期高增。雖然數(shù)字PCR已經(jīng)出現(xiàn),但目前在臨床應(yīng)用上仍處于探索階段。所以,qPCR技術(shù)在未來分子診斷市場中仍然扮演重要角色。


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